Capítulo 5 Analise geoespacial

5.1 Dados espaciais e geoespaciais

Dados espaciais são os que utilizam o sistema de coordenadas cartesianas com três (x, y e z) ou mais dimensões. Dados geoespaciais são dados que podem ser mapeados no planeta Terra e relacionadas com outros dados baseados em sistemas de coordenadas geográficas. Como grande parte dos dados ambientais são afetados pela localização geográfica, a análise geoespacial traz informações importantes.

A teoria por trás da análise feoespacial já é coberta pela disciplina de Cartografia e Geoprocessamento, portanto, aqui iremos abordar somente a parte prática.

No capítulo, serão utilizados os seguintes pacotes: sf para ler e trabalhar com dados espaciais e mapview para a etapa de criação de mapas.

No curso de Engenharia Ambiental e Urbana, utilizam-se shapefiles (.shp) para realizar análises espaciais, portanto, estes serão utilizados no capítulo.

5.1.1 Sistema Geodesico de Referência (SGR)

Basicamente, o SGR é um sistema de coordenadas definido a partir de um elipsóide de referência, posicionado e orientado em relação à superfície da Terra. A partir dele, é possível localizar espacialmente qualquer feição na superfície terrestre. Os mais conhecidos são: SAD69, WGS84 e o SIRGAS 2000.

Aplicação

Para a aplicação será reproduzido o exemplo do TBEP R Training. Para isso, serão instalados os pacotes sf e mapview.

options(repos = list(CRAN="http://cran.rstudio.com/"))
options("install.lock"=FALSE)

install.packages(c('sf','mapview'))
## Installing packages into 'C:/Users/Luiz Arthur/Dropbox/PC/Documents/R/win-library/4.1'
## (as 'lib' is unspecified)
## package 'sf' successfully unpacked and MD5 sums checked
## package 'mapview' successfully unpacked and MD5 sums checked
## 
## The downloaded binary packages are in
##  C:\Users\Luiz Arthur\AppData\Local\Temp\RtmpCcWuwO\downloaded_packages
library(sf)
## Warning: package 'sf' was built under R version 4.1.3
## Linking to GEOS 3.10.2, GDAL 3.4.1, PROJ 7.2.1; sf_use_s2() is TRUE
library(mapview)
## Warning: package 'mapview' was built under R version 4.1.3
library(tidyverse)
## -- Attaching packages --------------------------------------- tidyverse 1.3.1 --
## v ggplot2 3.3.5     v purrr   0.3.4
## v tibble  3.1.6     v dplyr   1.0.8
## v tidyr   1.2.0     v stringr 1.4.0
## v readr   2.1.2     v forcats 0.5.1
## Warning: package 'dplyr' was built under R version 4.1.3
## -- Conflicts ------------------------------------------ tidyverse_conflicts() --
## x dplyr::filter() masks stats::filter()
## x dplyr::lag()    masks stats::lag()

O shapefile “sgdat.shp” são dados da cobertura de algas marinhas em Tampa Bay em 2016. As “features” são as linhas do vetor e os “fields” são as colunas, ou melhor, atributos (“OBJECT ID” e “FLUCCS”). O SGR do arquivo é WGS 84. A coluna “geometry” armazena os dados espaciais (longitude e latitude).

#sgdat shapefile
sgdat <- st_read('Data/sgdat.shp')
## Reading layer `sgdat' from data source 
##   `C:\Users\Luiz Arthur\Dropbox\PC\Documents\UFABC Beatriz\TG Beatriz Lima\TG_Beatriz_Lima\Data\sgdat.shp' 
##   using driver `ESRI Shapefile'
## Simple feature collection with 575 features and 2 fields
## Geometry type: POLYGON
## Dimension:     XY
## Bounding box:  xmin: -82.72462 ymin: 27.81386 xmax: -82.48426 ymax: 28.03548
## Geodetic CRS:  WGS 84
# utilidades do pacote sf
methods(class="sf")
##   [1] $<-                          [                           
##   [3] [[<-                         aggregate                   
##   [5] anti_join                    arrange                     
##   [7] as.data.frame                cbind                       
##   [9] coerce                       dbDataType                  
##  [11] dbWriteTable                 distinct                    
##  [13] dplyr_reconstruct            filter                      
##  [15] full_join                    gather                      
##  [17] group_by                     group_split                 
##  [19] identify                     initialize                  
##  [21] inner_join                   left_join                   
##  [23] mapView                      merge                       
##  [25] mutate                       nest                        
##  [27] pivot_longer                 pivot_wider                 
##  [29] plot                         print                       
##  [31] rbind                        rename                      
##  [33] right_join                   rowwise                     
##  [35] sample_frac                  sample_n                    
##  [37] select                       semi_join                   
##  [39] separate                     separate_rows               
##  [41] show                         slice                       
##  [43] slotsFromS3                  spread                      
##  [45] st_agr                       st_agr<-                    
##  [47] st_area                      st_as_s2                    
##  [49] st_as_sf                     st_as_sfc                   
##  [51] st_bbox                      st_boundary                 
##  [53] st_buffer                    st_cast                     
##  [55] st_centroid                  st_collection_extract       
##  [57] st_convex_hull               st_coordinates              
##  [59] st_crop                      st_crs                      
##  [61] st_crs<-                     st_difference               
##  [63] st_drop_geometry             st_filter                   
##  [65] st_geometry                  st_geometry<-               
##  [67] st_inscribed_circle          st_interpolate_aw           
##  [69] st_intersection              st_intersects               
##  [71] st_is                        st_is_valid                 
##  [73] st_join                      st_line_merge               
##  [75] st_m_range                   st_make_valid               
##  [77] st_minimum_rotated_rectangle st_nearest_points           
##  [79] st_node                      st_normalize                
##  [81] st_point_on_surface          st_polygonize               
##  [83] st_precision                 st_reverse                  
##  [85] st_sample                    st_segmentize               
##  [87] st_set_precision             st_shift_longitude          
##  [89] st_simplify                  st_snap                     
##  [91] st_sym_difference            st_transform                
##  [93] st_triangulate               st_union                    
##  [95] st_voronoi                   st_wrap_dateline            
##  [97] st_write                     st_z_range                  
##  [99] st_zm                        summarise                   
## [101] transform                    transmute                   
## [103] ungroup                      unite                       
## [105] unnest                      
## see '?methods' for accessing help and source code

Esse é o passo a passo de como importar um shapefile. Porém, muitas vezes não possuímos um shapefile e queremos criar um a partir de um dataframe. Para isso, é necessário que o dataframe inclua as coordenadas geográficas (longitude e latitude) e que tenhamos conhecimento do SGR. O dataframe ´fishdat´ possui as características dos peixes encontrados e o statloc apresenta a localização deles. O passo a passo será realizado abaixo.

getwd()
## [1] "C:/Users/Luiz Arthur/Dropbox/PC/Documents/UFABC Beatriz/TG Beatriz Lima/TG_Beatriz_Lima"
# dados da presença de peixes em Tampa Bay
fishdat <- read.csv("Data/fishdat.csv")

statloc <- read.csv("Data/statloc.csv")
# estrutura dos dados
str(fishdat)
## 'data.frame':    2844 obs. of  12 variables:
##  $ OBJECTID     : int  1550020 1550749 1550750 1550762 1550828 1550838 1550842 1551131 1551311 1551335 ...
##  $ Reference    : chr  "TBM1996032006" "TBM1996032004" "TBM1996032004" "TBM1996032207" ...
##  $ Sampling_Date: chr  "1996-03-20" "1996-03-20" "1996-03-20" "1996-03-22" ...
##  $ yr           : int  1996 1996 1996 1996 1996 1996 1996 1996 1996 1996 ...
##  $ Gear         : int  300 22 22 20 160 300 300 300 300 22 ...
##  $ ExDate       : chr  "2018-04-12 10:27:38" "2018-04-12 10:25:23" "2018-04-12 10:25:23" "2018-04-12 10:25:23" ...
##  $ Bluefish     : int  0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 ...
##  $ Common.Snook : int  0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 ...
##  $ Mullets      : int  0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 ...
##  $ Pinfish      : int  0 54 0 80 0 0 0 0 1 1 ...
##  $ Red.Drum     : int  0 0 1 0 4 0 0 0 0 0 ...
##  $ Sand.Seatrout: int  1 0 0 0 0 1 5 66 0 0 ...
str(statloc)
## 'data.frame':    2173 obs. of  3 variables:
##  $ Reference: chr  "TBM1996032006" "TBM1996032004" "TBM1996032207" "TBM1996042601" ...
##  $ Latitude : num  27.9 27.9 27.9 28 27.9 ...
##  $ Longitude: num  -82.6 -82.6 -82.5 -82.7 -82.6 ...

Para isso, utilizaremos a função st_as_sf() para transformar o dataframe em um objeto sf. Primeiramente, precisamos juntar os dois datasets (fishdat e statloc) e dizer qual coluna que possui os dados da geometria (latitude e longitude). Além disso, é necessário dizer qual o SGR e, além disso, precisamos garantir que ambos datasets possuam o mesmo SGR. Por enquanto, podemos fazer um “chute calibrado” que é o WGS84.

#juntando os dois dataframes
joindata <- left_join(fishdat,statloc,by="Reference")

#criando o objeto de dados espaciais
joindata <- st_as_sf(joindata, coords=c('Longitude','Latitude'), crs = st_crs(sgdat))

#tipo de objeto sf
str(joindata)
## Classes 'sf' and 'data.frame':   2844 obs. of  13 variables:
##  $ OBJECTID     : int  1550020 1550749 1550750 1550762 1550828 1550838 1550842 1551131 1551311 1551335 ...
##  $ Reference    : chr  "TBM1996032006" "TBM1996032004" "TBM1996032004" "TBM1996032207" ...
##  $ Sampling_Date: chr  "1996-03-20" "1996-03-20" "1996-03-20" "1996-03-22" ...
##  $ yr           : int  1996 1996 1996 1996 1996 1996 1996 1996 1996 1996 ...
##  $ Gear         : int  300 22 22 20 160 300 300 300 300 22 ...
##  $ ExDate       : chr  "2018-04-12 10:27:38" "2018-04-12 10:25:23" "2018-04-12 10:25:23" "2018-04-12 10:25:23" ...
##  $ Bluefish     : int  0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 ...
##  $ Common.Snook : int  0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 ...
##  $ Mullets      : int  0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 ...
##  $ Pinfish      : int  0 54 0 80 0 0 0 0 1 1 ...
##  $ Red.Drum     : int  0 0 1 0 4 0 0 0 0 0 ...
##  $ Sand.Seatrout: int  1 0 0 0 0 1 5 66 0 0 ...
##  $ geometry     :sfc_POINT of length 2844; first list element:  'XY' num  -82.6 27.9
##  - attr(*, "sf_column")= chr "geometry"
##  - attr(*, "agr")= Factor w/ 3 levels "constant","aggregate",..: NA NA NA NA NA NA NA NA NA NA ...
##   ..- attr(*, "names")= chr [1:12] "OBJECTID" "Reference" "Sampling_Date" "yr" ...
#checando SGR
st_crs(joindata)
## Coordinate Reference System:
##   User input: WGS 84 
##   wkt:
## GEOGCRS["WGS 84",
##     DATUM["World Geodetic System 1984",
##         ELLIPSOID["WGS 84",6378137,298.257223563,
##             LENGTHUNIT["metre",1]]],
##     PRIMEM["Greenwich",0,
##         ANGLEUNIT["degree",0.0174532925199433]],
##     CS[ellipsoidal,2],
##         AXIS["latitude",north,
##             ORDER[1],
##             ANGLEUNIT["degree",0.0174532925199433]],
##         AXIS["longitude",east,
##             ORDER[2],
##             ANGLEUNIT["degree",0.0174532925199433]],
##     ID["EPSG",4326]]
st_crs(sgdat) 
## Coordinate Reference System:
##   User input: WGS 84 
##   wkt:
## GEOGCRS["WGS 84",
##     DATUM["World Geodetic System 1984",
##         ELLIPSOID["WGS 84",6378137,298.257223563,
##             LENGTHUNIT["metre",1]]],
##     PRIMEM["Greenwich",0,
##         ANGLEUNIT["degree",0.0174532925199433]],
##     CS[ellipsoidal,2],
##         AXIS["latitude",north,
##             ORDER[1],
##             ANGLEUNIT["degree",0.0174532925199433]],
##         AXIS["longitude",east,
##             ORDER[2],
##             ANGLEUNIT["degree",0.0174532925199433]],
##     ID["EPSG",4326]]

Caso seja necessário modificar a projeção, utiliza-se a função `st_transform(). Nesse caso, não precisamos modificar já que o shapefile (sgdat) tem o mesmo SGR do que estamo querendo criar.

Agora, iniciaremos a análise geoespacial dos dados. Inicialmente, iremos dar uma olhada geral para entender qual os dados que estamos lidando.

O padrão é que a função ´plot()´ plote todas as feições. Para plotar somente a geometria, utiliza-se st_geometry().

plot(st_geometry(joindata)) 

plot(joindata)
## Warning: plotting the first 10 out of 12 attributes; use max.plot = 12 to plot
## all

plot(sgdat)

Conforme observamos o shapefile “sgdat” com os dados das algas marinhas e o “joindata” com os dados do posicionamento de peixes, é possível verificar que existem áreas de intersecção entre ambos. Para analisar novamente, iremos plotar somente a geometria de ambos:

plot(joindata$geometry)

plot(sgdat$geometry)

Vamos filtrar somente os dados dos peixes do ano de 2016:

filt_data <- joindata %>%
  filter(yr == 2016)
plot(st_geometry(filt_data))

Agora, verificaremos quantos peixes foram vistos nos mesmos locais em que encontraram-se algas marinhas em 2016. Ou seja, iremos selecionar as localizações que possuem ambos dados. Para isso, iremos utilizar o código abaixo:

fish_crop <- filt_data[sgdat, ]

plot(fish_crop$geometry)

O que foi realizado até agora é somente a intersecção da geometria de ambos datasets. Portanto, agora realizaremos a intersecção de ambos dados, incluindo atributos:

fish_int <- st_intersection(filt_data, sgdat)
## Warning: attribute variables are assumed to be spatially constant throughout all
## geometries
plot(st_geometry(fish_int))

View(fish_int)

É possível utilizar ferramentas do tidyverse. Abaixo, iremos fazer a soma de todos os Pinfish foram pegos em 2016:

fish_cnt <- fish_int %>% 
  group_by(FLUCCS) %>% 
  summarise(
    cnt = sum(Pinfish)
  ) 

fish_cnt
## Simple feature collection with 2 features and 2 fields
## Geometry type: MULTIPOINT
## Dimension:     XY
## Bounding box:  xmin: -82.7182 ymin: 27.82623 xmax: -82.53237 ymax: 28.02418
## Geodetic CRS:  WGS 84
## # A tibble: 2 x 3
##   FLUCCS   cnt                                                          geometry
##   <chr>  <int>                                                  <MULTIPOINT [°]>
## 1 9113    1559 ((-82.53352 27.92907), (-82.53617 27.91043), (-82.53535 27.91212~
## 2 9116    4766 ((-82.55893 27.96612), (-82.5588 27.96633), (-82.55797 27.96632)~

Além de realizar a soma nos atributos numéricos (quantidade de Pinfish), também é realizada nos atributos geométricos (latitude e longitude). Conforme apresentado na tabela anterior, existe uma maior quantidade de Pinfishs em áreas onde existe maior quantidade de algas marinhas (FLUCCS=9116). É possível realizar um gráfico em relação às duas categorias de cobertura de algas marinhas (´9113´: desigual, ´9116´: contínua).

ggplot(fish_cnt, aes(x = FLUCCS, y = cnt)) + 
  geom_bar(stat = 'identity', fill='navyblue')

Agora será realizada a confecção de mapas. Utilizaremos os pacotes ggplot2 inicialmente:

ggplot() + 
  geom_sf(data = sgdat, fill = 'green') + 
  geom_sf(data = joindata)

Agora, para criar um mapa interativo para selecionar e dar zoom nos dados, utilizaremos o pacote mapview:

mapview(sgdat, col.regions = 'green') +
  mapview(joindata, zcol = 'Gear')